Eftir nám við tónlistarskóla Reykjavíkur nam Margrét Hrafnsdóttir við Tónlistarháskólann í Stúttgart þar sem hún lauk söngkennara- og einsöngvaradiplómi sem og diplómu í ljóðasöng. Hún hefur sótt fjölda námskeiða þar á meðal hjá Anne Sofie von Otter og Christoph Pregardien. Hún hefur hlotið styrk úr Hlaðvarpanum og Tónlistarsjóði og einnig Listamannalaun.
Margrét hefur haldið einsöngstónleika í Þýskalandi, Íslandi, Sviss, Danmörku og Svíþjóð með efnisskrám sem spanna allt frá sjaldheyrðum verkum að þjóðlögum og margbreytilegri leikhús- og óperutónlist. 2007 gaf hún út ásamt Ólöfu Sigursveinsdóttur, sellóleikara geisladiskinn „Hjartahljóð“, íslensk þjóðlög. Einnig fengu þær styrk frá Hlaðvarpanum til ad láta semja fyrir sig verk, „Heimtur“, sem frumflutt var í Berlín 2011 eftir Ingibjörgu Azima. 2015 kom út diskurinn „Vorljóð á Ýli“ með þeim lögum í útsetningum fyrir óvenjulega kammersveit með fagotti, harmonikku, klarinetti, kontrabassa og sellói. Margrét hefur einnig sungið hlutverk í íslenskum óperum, m.a hlutverk Freyju í Þrymskviðu eftir Jón Ásgeirsson og Gilitrutt í samnefndri óperu eftir Þórunni Guðmundsdóttur.